Após a divisão do Império Romano em dois em 395, região da Capadócia ficou no território do Império Romano do Leste, cuja capital era Istambul (Constantinopolis). Os primeiros anos de bizantinos passaram cheios de conflitos que ocorriam por causa da religião e seitas religiosas. Durante esse período os sassânidas estavam situados na fronteira leste de bizantinos. Os sassânidas que governavam as regiões, incluindo o Irão e o Iraque entre 226 e 651, tiveram primeiros conflitos com os romanos e, em seguida, os bizantinos. Em 608, o rei de sassânidas Husrev II, atacou os bizantinos e capturou Kayseri. Os sassânidas perderam Kaysseri e foram expulsos em 611, mas em 626 eles recapturaram Kayseri e continuaram sua cruzada.
"Período de quatro califas" da história islâmica foi o fim dos sassânidas.Terminou em 651 durante o período de Osman. A queda dos sassânidas significava para os bizantinos que um dos inimigos mais importantes desapareceu. Mas Umayyads de origem árabe, centralizado em Sam (661-750) e, em seguida, Abbasids (750-1258) tornaram-se imediatamente os inimigos importantes dos bizantinos. Os Umayyads atacaram região da Capadócia em 709 e capturaram a cidade de Tiana. Os ataques continuaram até 713, e quase Capadócia toda estava sob o controle dos árabes. Em 726 Kayseri foi atacada pelos árabes mais uma vez. Os cristãos da região começaram a voltar para as cidades subterrâneas e cavernas, a fim de se protegerem de invasões árabes, bem como para poder rezar livremente. Após este período o número de igrejas de cavernas aumentou bastante.
Em 726, o imperador bizantino Leão III achou um jeito de expulsar árabes de Kayseri e anexar as territorias até Malatya às terras bizantinas. O Imperador mesmo proibiu as ícones e as pinturas das igrejas. Este período foi entre os anos de 726 e 843 e durou 117 anos e é chamado como "Iconoclasm", que é a destruição deliberada. Em 843, o Theodore libertou as ícones novamente. As razões por trás dessas proibições eram de reduzir o impacto dos sacerdotes sobre o governo e para se livrar da dedicação para os ícones como objeto de veneração. O Islã foi outra razão para esta proibição. Durante o período de Iconoclasm não aconteceu muitos conflitos. Como os defensores do iconoclasmo ficou mais forte em Bizantia, os defensores do Crucefixo esconderam-se na área rochosa da região da Capadócia e construiram igrejas com ícones livremente. Isso ajudou a aumento das igrejas rupestres da Capadócia. Neste período, apenas nas proximidades de Goreme forma construidas mais de 400 igrejas.
Bizantia estava sob ataques dos árabes durante o período abbácido também. Durante o tempo, a opressão árabe na região ficou menos forte.
Os seljúcidas (1040 - 1318)
O Grande Império Seljuk (1040 - 1157), estabelecido pelos turcos, domiciliado em torno do Irã e foi o vizinho oriental de Bizantia. Mais tarde, o Império Seljuk aceitou o Islã. Após essa data, a difusão dos turcos na Anatólia pode ser notada. Devido a isso, os estados que viram um o outro como uma barreira, encontraram-se.
Após a vitória de Alparslan, o sultão do Império Seljuk, contra Diógenes Romanos, o Imperador Bizantino, na batalha de Malazgirt o poder bizantino foi perdido na região e, portanto, as portas da Anatólia estavam abertas para os povos turcos e outros. O Sultan Alparslan autorizou seus generais esculpir seus principados próprios de Anatolia anteriormente bizantina. Um deles era Danishmendis na Europa Central e do Norte da Anatólia (1086-1178). O Danishmendis luta junto com os seljúcidas contra cruzadores. Mas como uma contradição, o poder dele foi arruinado por seljucidas. As obras de arte do Danishmendis são exibidas na Capadócia, especialmente em Kayseri.
Durante o período do Grande Império Seljuk, Shah Suleyman foi nomeado para conquistar a Anatólia, ele tinha muitos sucessos e conquistou muitas territórias da Anatólia em um curto espaço de tempo. Ele estabeleceu o Estado Seljuk da Anatolia (1078 - 1318) com o centro em Iznik. Em 1557, Sultan Sencer morreu eo império quase entrou em colapso. Durante esse período, os mongolóides, que dominavam a região do Irã, atraiu a atenção como um poder invasor na Anatólia. O Estado Seljuk da Anatolian foi completamente destruído em 1318. Durante o período Seljuk, muitos edifícios importantes, como mesquitas, madrassas, cúpulas, estalagens e caravançarás foram construídos.
Os mongolos na Capadócia (1318 - 1398)
Após a queda do Estado Seljuk da Anatolian, existência a existência dos principados criados durante o poder sejucido continuou na Anatólia. Entre eles havia Kayi Beylik que seria o fundador do Império Otomano no futuro. Durante este período, a influência de mongolos continuava na Anatólia. Em 1318, os mongolos designaram Timurtas como governador para a Anatólia. Durante seu período, a capital mudou-se de Sivas para Kayseri . Timurtas, que ganhou o poder na região, depois declarou sua independência. Em 1327, após a morte de Timurtas, ocorreu uma lacuna de poder e um de seus seguidores Eretna Bey preencheu essa lacuna e em 1343 ele declarou sua independência e dominou a região.Em 1365 Karamanogullari consegue tomar o controle sob Nevsehir durante o eterno conflito com Eretna Bey e em seguida conquista toda a região
