O Museu Arqueológico de Heraklion é um dos mais importantes museus da Grécia, já que acolhe uma coleção valiosa que remonta à época Minóica. Uma história longa de seis milhões anos é apresentada no museu através de achados do período Neolítico até os anos Romanos. O museu está dividido em galerias de acordo com a ordem cronológica e unidades temáticas quando for possível.
Galeria I
Contém cerâmica dos períodos do Neolítico e Pré-Palacio (6,500-1900 BC). As peças mais impressionantes incluem uma estatueta steatopygus feminina, uma estatueta de mármore de Knossos, vasos de pedra do túmulo de Mochlos, um selo de pedra moldado em mosca, um selo de pedra de Archanes, uma pomba com a uma ave recém-nascida de Koumasa e as jóias da cemitério de Phournoi.
Galeria II
As exposições desta galeria datam de volta do início dos palácios de Cnossos e de Malia (1900-1700 aC). A peça mais digna dessas exposições são os vasos de casca de ovo, as placas de faiança representando fachadas de dois e três andares, modelos de barro de peixes e de navios, um navio em forma de touro, estatuetas de homens vestidos com peles de leão, figuras femininas com saias amplas e elaboradas cabeças vestidas e sarcófagos de barro.
Galeria III
Inclui cerâmica, obras de pedra, selos de pedra e itens inscritos encontrados no Palacio de Phaestos. Há também vasos de barbotina e o famoso Disco de Phaestos que é uma das peças mais preciosas do museu. As exposições da Galeria III abrangem os anos de 2000-1700 aC.
Galeria IV
As exposições remontam aos anos 1700-1450, que correspondem ao período do Novo Palácio de Knossos, Mallia e Phaestos. Entre eles há uma placa do jogo como o xadrez, duas figuras femininas representando as Deusas Cobras, mulheres vestidas com trajes típicos Minóicos e um vaso em forma de cabeça de touro feito de esteatito preto. Seus olhos são feitos de cristal e jaspe.
Galeria V
Abriga utensílios de prata, selos de pedra, vasos e lâmpadas de Cnossos, que remontam a 1450-1400 aC. Amostras de escritos Lineares A e B de Aghia Triada e Cnossos também podem ser vistos nesta galeria.
Galeria VI
Encontra se nesta, os túmulos de Mesara, Cnossos, Archanes etc.. Estes são expostos aqui. Existem jóias de ouro impressionantes de Phaestos e Knossos e seu famoso "anel Isopata" do túmulo de Isopata em Cnossos que retrata mulheres dançando.
Galeria VII
Esta é uma das maiores seções do museu. Está relacionada ao período Palácio Novo (1650-1400) expondo impressionantes eixos duplos de pilares de madeira, um rhyton de esteatite negro que retrata os agricultores a pé em procissão, mantendo suas ferramentas, um rhyton com quatro bandas de decoração alusivos a competições esportivas, uma incrível coleção de ourivesaria, incluindo jóias miniatura e outros itens exclusivos.
Galeria VIII
Itens encontrados no Palacio de Zakros (1650-1400 aC) são hospedados nesta galeria. Há vasos rhyton feito de pedra de cristal ou verde, decorações com relevos, ferramentas de bronze e uma serra enorme.
Galeria IX
Itens escavados nas áreas de Palaeokastro, Gournia, Pseira e no santuário do Piskokephalo podem ser visto aqui.
Galeria X
Vasos da era Pós-Palacio (1400-1100 aC) estão expostas nesta galeria, incluindo grandes figuras de uma deusa com os braços levantados e a cabeça decorada com símbolos.
Galeria XI
Há vaso que datam dos períodos Minoicos e proto-Geométrico (1100-900 aC).
Galeria XII
As influências dos países de Leste e de outros são representados nos navios de grande porte desta galeria com as suas pinturas que representam esfinges, leões, cavalos alados.
Galeria XIII
Esta seção hospeda sarcófagos feitos de terracota Minoicos que foram escavados em várias partes da ilha de Creta.
Galeria XIV
Os afrescos impressionantes do palácio de Cnossos, da villa de Amniso, da villa de Aghia Triada e das habitações de Pseira podem ser vistos nessa seção.
Galeria XV
O afresco conhecido como "La Parisienne", com uma jovem sacerdotisa e o afresco do " Santuário Tripartite " estão expostos aqui.
Galeria XVI
Artefatos incluindo o coletor de Açafrão (representando um macaco apanhando flores de açafrão) e o Capitão dos Pretos (retratando um policial levando um grupo de soldados negros) podem ser vistos nesta galeria.
Gallereis XVII e XVII
Contêm antiguidades Minóicas e Cretenses e que pertenciam às coleções Yamalakis e foram compradas pelo museu em 1962.
Galeria XIX
Existem artefatos do período Arcaico, relevos da Acrópole de Gortyn e escudos de bronze da famosa Caverna Idaian.
Galeria XX
Esculturas da era Clássica até ao período Greaco-romana, incluindo uma cópia da estátua de Afrodite Paraxiteles estão expostos nesta galeria.
